牛奶蛋白过敏可能出现在食用牛奶制品后的几分钟到几小时，不过严重的过敏反应通常出现在半小时内。牛奶蛋白过敏并没有特异性的症状——没有什么症状是牛奶蛋白过敏独有的，只要出现就能判断是牛奶蛋白过敏。通常牛奶蛋白过敏的症状至少会包括①皮肤②胃肠道③呼吸道，中的两方面的症状。大约50-60%的孩子都会有消化道症状，50-60%的孩子都会有皮肤方面的症状，大约20-30%的孩子会同时有呼吸道症状。
1.皮肤方面的症状包括：荨麻疹、风团；嘴唇和眼睛红肿；红疹；过敏性皮炎。不仅仅是吃，嘴周围和下巴的皮肤接触到牛奶蛋白也可能会出现这些皮肤症状。
2.胃肠道的症状包括：频繁的、严重的呕吐或者食物反流（正常的婴儿也会呕吐和反流，过敏会导致更加频繁的呕吐）；腹泻或者便秘，并且有肛门红肿或者红疹；持续的，无法安抚的哭闹大约每天3小时，每周至少出现3天，状况持续3周以上（这种情况也被称为肠绞痛）；不太常见的症状是大便带血（母乳喂养的宝宝大便带血丝可能是原因不明的，不一定意味着过敏，或者找不到过敏原。但只要不影响发育和精神状态，无需任何处理）；可能出现持续性的缺铁性贫血（和大便带血相关）。
3.呼吸道的症状包括：如果过敏影响到宝宝的呼吸功能，他们可能还会出现慢性的鼻塞，流鼻涕，咳嗽，气喘和呼吸困难，反复中耳炎。
4.如果宝宝出现以下严重的过敏反应，要立即带宝宝去急诊：呼吸困难，发紫，严重苍白和虚弱，全身性过敏反应，头或者脖子肿起来，血性腹泻。因为这些症状都不是过敏独有的，所以有这些症状并不一定意味着宝宝对牛奶蛋白过敏。
